Fallout 3 es un juego de rol de mundo abierto con una historia rica y decisiones importantes. Aunque no tiene tantos finales como Fallout: New Vegas, todavía hay algunas formas diferentes de terminar la historia. Aquí están los cuatro finales principales:
- El buen final: Durante la búsqueda “¡Recupéralo!”, debes tomar una decisión final sobre el Proyecto Pureza. Hay una cámara dentro del Jefferson Memorial a la que alguien debe entrar para salvar el purificador. Sin embargo, cualquier humano que entre en la cámara será irradiado y morirá. El buen final ocurrirá independientemente de quién entre a la cámara para salvar el proyecto. Si quieres recibir el final más virtuoso, debes ir a la cámara y sacrificar a tu personaje. Otra opción es dejar que Lyons entre en la cámara y luego la irradiarán en lugar de ti
- Base militar: Este final se desencadena si decides activar el purificador con Fawkes, el supermutante. Es un final más neutral.
- Catedral: Si decides activar el purificador con Sarah Lyons, es un final más heroico.
- Victoria del Maestro: Si decides activar el purificador con Colonel Autumn, es un final más malvado.